1.依据国家保密法第二条之规定，国家秘密是指在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项，第三条转而规定全民有保守国家秘密的义务。实践中国家秘密只有特定范围的人群知悉，多为国家机关、政党掌握，从逻辑推理看，第三条的义务主体明显大于第二条，显然有不当之处。 

2.第八条是关于保守国家秘密成绩显著者给予奖励的规定，但是此规定略显模糊，建议细化以促进保密工作的顺利进行。

3.第九条从国家国防事务、外交活动、经济发展、到维护国家安全、刑事犯罪，事无巨细的规定了国家秘密的范围，不仅如此，“各级国家机关、单位对所产生的国家秘密事项”都有定密权限，这导致不少单位和部门“宁错勿漏”，定密泛滥。综观上述条文，政府信息公开和与保密之间的边界依然模糊，政务公开与公民知情权之间的矛盾还有待解决。

4.第十三条和第十八条规定，国家机关对产生的国家秘密事项可以自行确定密级，对于有争议的由国家秘密行政管理部门和省级行政管理部门决定。分析得知，国家将确定秘级的权力赋予了一个机关，当发生争议时，其管理机关和上级机关有处置权，但是法律并未对异议的救济程序作出规定，在程序救济上稍显不完善。

5.第二十六条第一款规定公安机关、国家安全机关、国家保密行政管理部门负责涉密调查，而依据宪法第四十条规定，只有公安机关（国家安全机关）、检察院有权进行通信检查。此次保密草案规定明显与宪法相冲突。

第二款赋予互联网和电信运营商、服务商有发现涉密信息的权利，与《宪法》中保障公民通信自由和保护通信秘密的条款相冲突。